A atribuição de Prémios de Mérito foi deliberada pela Câmara Municipal de Nisa para distinguir os alunos do Agrupamento de Escolas que no final de cada ciclo escolar obtiveram as melhores classificações nos exames nacionais e na média anual.
Os prémios têm valores monetários: 100 € para o melhor aluno, 75 € para 2º melhor aluno e 50 € para o 3º melhor aluno no final do 1º Ciclo (4º ano) ; para os melhores alunos do final do 2º Ciclo (6º ano) os prémios têm os valores de 200€, 150€ e 100€; para os melhores alunos do final do 3º Ciclo (9º ano) os prémios têm os valores de 250€, 200€ e 150€; para os melhores alunos do final do ensino secundário (12º ano), na área de Ciência e Tecnologia e na área de Humanidades os valores dos prémios são 300€, 200€ e 150€.